
El equipo alternativo fue diseñado para éste torneo y fue remera "signia" gris plata con detalles en el frente en rojo y azul, short gris plata con vivos rojos, blancos y azules, y medias grises con vivos rojos y azules.

También tuvo una tercera equipación, que desconozco si se utilizó o no, que fue una azul con líneas horizontales blancas y rojas. En esa Copa Mercosur San Lorenzo integró el grupo 5 junto con Atlético Mineiro (BRA), Vasco da Gama (BRA) y Peñarol (URU), donde quedó eliminado.

Para la Copa Mercosur 2001, el ciclón vistió la misma remera "signia" del campeonato local con el "cablevisión", y en la espalda lució el nombre del jugador encima del número y el "cablevisión" por debajo.

