H O M EEl equipo alternativo fue diseñado para éste torneo y fue remera "signia" gris plata con detalles en el frente en rojo y azul, short gris plata con vivos rojos, blancos y azules, y medias grises con vivos rojos y azules.
A W A YTambién tuvo una tercera equipación, que desconozco si se utilizó o no, que fue una azul con líneas horizontales blancas y rojas. En esa Copa Mercosur San Lorenzo integró el grupo 5 junto con Atlético Mineiro (BRA), Vasco da Gama (BRA) y Peñarol (URU), donde quedó eliminado.
T H I R D Para la Copa Mercosur 2001, el ciclón vistió la misma remera "signia" del campeonato local con el "cablevisión", y en la espalda lució el nombre del jugador encima del número y el "cablevisión" por debajo.
H O M E El equipo alternativo también fué el del torneo local y las mismas modificaciones, o sea, el nombre del jugador encima del número y "cablevision" debajo. En ésta copa San Lorenzo obtuvo por primer vez en su historia un campeonato internacional. Integró el grupo B junto con Flamengo (BRA), C. N. de F. (URU) y Olimpia (PAR), donde clasificó. En cuartos de final eliminó a Cerro Porteño (PAR). En semi-finales eliminó al Corinthians (BRA) y en la final derrotó al Flamengo (BRA).
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